بنای اولیه این مسجد مربوط به قبل از اسلام و محل آتشکده ای بوده است که با ظهور اسلام مسلمانان آن را به مسجد تبدیل کردند. اولین بانی مسجد مشخص نیست؛ ولی مشهور است که صفیه خاتون، دختر مالک اشتر، این مسجد را بنا کرده است . بر اساس کتیبه‌های موجود، بنا را عبدالرزاق خان، حاکم کاشان، تعمیر اساسی کرده است. منارۀ آجری مسجد در دورۀ سلجوقیان ساخته شده است. فقط این مناره و یکی از محراب‌های شبستان از آن دوره باقی مانده است. دو محراب دیگر این شبستان مربوط به قرن هشتم و قرن دوازدهم هجری قمری هستند.
مناره های مسجد ،از مناره های کم نظیر کشور به شمار می آیند. شبستان های وسیع تابستانی و زمستانی همراه محراب های گچبری شده و تلفیق آن با کاشی های رنگارنگ، نقش های بدیعی را به وجود آورده و به مسجد جلوه خاصی بخشیده است.
در شبستان تابستانی این بنا که در زیر شبستان زمستانی قرار دارد، طرحهای بسیاز زیبای کاشیکاری دیده می‌شود و درکف این شبستان آثاری از کوره‌های پخت ظروف چینی به وسیله کارشناسان سازمان میراث فرهنگی در گذشته کشف شده است. این بنا دارای گنبد آجری است که احتمالاً پس از زلزله معروف سال ۱۱۹۲هجری قمری که‌این مسجد آسیب فراوانی دید،به وسیله "عبدالرزاق خان کاشی"به صورت اساسی تعمیر و این موضوع در کتیبه خط ثلث در زیر گنبد مسجد به سال ۱۲۰۷ هجری قمری نیز مشخص شده است.
این مسجد دارای دو قبله میباشد که یکی از آنها بدلیل رعایت نشدن جهات دقیق قبله(به گفته متخصصان میراث فرهنگی) از عمد تخریب شده که آثار گچبری بسیار نفیسی بوده که بدلیل اینکه برای نمازگزاران مشتبه نشود محراب دیگری در نزدیکی همان محراب ساخته اند اما مردم عامی اعتقاد دارند که این محراب به طرف بیت المقدس بوده و بعد از اینکه قبله در سال دوم هجرت تغییر یافت این محراب تخریب شده است.در محراب دیگر که به سمت مسجدالحرام است آیه تغییر قبله از بیت المقدس به طرف مکه به چشم میخورد که خود دلیل بر اعتقاد مردم نسبت به این موضوع است. گفته می شود دراین مسجد حضرت سلطانعلی ابن امام محمدباقر(ع) نمازگزارده، از این رو مردم کاشان این مسجد را بسیار قابل احترام می دانند و قدیمی ترین کتیبه ای که درمسجد وجود دارد به تاریخ 466 هجری قمری است که بر روی منار آن آمده است «این منار سومین منار تاریخ دار قدیمی ایران به شمار می رود» این مسجد مرکز بزرگترین و قدیمی ترین هیئت مذهبی کاشان (هیئت ابوالفضل ع کاشان-مشتی) میباشد که قدمتی بیش از صد سال دارد.
منابع
fa.wikipedia.org
tishineh.com
kashanica.com
seeiran.ir
