یکی از اماکن مذهبی شهرستان نطنز زیارتگاه سلطان حسین (ع) است که در ابیازن قرار دارد و گنبدی فیروزه ای رنگ با نقاشی هایی زیبا و اسماء مبارک و آیات قرآنی بر روی مزار ساخته شده است. این بنای ارزشمند در تاریخ یازدهم بهمن ماه سال ۸۹ به شماره ۲۹۴۳۰ در فهرست آثار ملی کشور به ثبت رسیده است.
در سمت جنوب شرق نطنز، محله ای به نام افوشته قرار دارد که در بین درختان سرسبز و سر به فلک کشیده، مانند نگینی درخشان و سبز خودنمائی می کند. قرارگیری ۹ اثر تاریخی زیبا و منحصر به فرد متعلق به دوره های مختلف تاریخی در کنار هم آن هم تنها در یکی از محلات نطنز، سبب خلق شگفتی در دنیای تاریخ شده است. مجموعه تاریخی افوشته، شامل حمام، مسجد، آب انبار، شربت خانه، حسینیه، مسجد، بقعیه میر سید و بقعه سید حسن واقف است که یک دوره تاریخی ۶۰۰ ساله را با خود به همراه دارد.
بقعه امامزاده آقا علی عباس و سید محمد (ع) یکی از زیباترین جاهای دیدنی نطنز در استان اصفهان است. این امامزادگان از فرزندان امام موسی کاظم بودند که توسط مامون عباسی به قتل رسیدند. این بقعه که در ۳۰ کیلومتری شهر نطنز و ۸ کیلومتری شهر بادرود واقع شده از نظر معماری بسیار دیدنی است.
در ورای باغستان های سرسبز مرکز شهر نطنز، مناره ای سر به فلک کشیده و گنبدی هرمی شکل در کنار آن قرار دارد. این مناره بخشی از مجموعه مسجد جامع و آرامگاه عارف سده هشتم هجری قمری شیخ نورالدین عبدالصمد اصفهانی نطنزی و سردر خانقاه وی است که در نوع خود بی همتامی باشد. این مجموعه شامل شبستان هشت ضلعی گنبدار مسجد و آرامگاه شیخ عبدالصمد است و سردر خانقاه و مناره مرتفعی دارد. به استثنای شبستان گنبدار دوره دیلمی بقیه مربوط به دوره ایلخانان است. شیخ عبدالصمد نطنزی صوفی مشهور عصر ایلخانان در سده هفتم هجری بود. وی در نطنز دار فانی را وداع گفت و مقبره ای در این شهر به افتخار این شیخ به وسیلهٔ مرید وی، زین الدین ماستری وزیر ایلخانی ساخته شد. این مجموعه با شکوه با شماره ۱۸۸ مورخ ۱۸/۴/۱۳۱۱ در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
در ورای باغستان های سرسبز مرکز شهر نطنز، مناره ای سر به فلک کشیده و گنبدی هرمی شکل در کنار آن قرار دارد. این مناره بخشی از مجموعه مسجد جامع و آرامگاه عارف سده هشتم هجری قمری شیخ نورالدین عبدالصمد اصفهانی نطنزی و سردر خانقاه اوست که در نوع خود بی همتامی باشد. این مجموعه مشتمل برشبستان هشت ضلعی گنبدار مسجد و آرامگاه شیخ عبدالصمد است و سردر خانقاه و مناره مرتفعی دارد.به استثنای شبستان گنبد دار دوره دیلمی بقیه مربوط به دوره ایلخانان است. این مسجد ۲ بخش دارد که قدیمی ترین آن مسجد گنبد آجری است که قدمتی ۱۰۵۰ ساله دارد. قدیمیترین کتیبهٔ بنا، بر ضلع شرقی گنبدخانه، مورخ به ۳۸۹ قمری است. درخت چنار دو هزار ساله ای نیز مقابل مسجد جامع نطنز یکی از جاذبه های تاریخی و طبیعی این شهر است و بر زیبایی این مکان افزوده است.
مقبره ای گنبدی شکل برفراز یکی از رشته های کوه کرکس در جنوب باختری شهر نطنز قرار دارد که از دور بنائی کوچک با روزنه هایی چند به نظر می آید که بدستور شاه عباس صفوی برای گرامیداشت یاد باز شکاری اش بنام لوند، برفراز کوه ساخته شده است. این بنا به شماره ۶۴۴ در تاریخ بیست و دوم فروردین سال ۱۳۴۶ در فهرست آثار ملی کشور به ثبت رسیده است.
شهرستان نطنز در استان اصفهان دارای ۶۰۰۰ سال پیشینه تاریخی است و بیش از ۱۸۰۰ اثر تاریخی و جاذبه گردشگری را در خود جای داده است که از جمله می توان به آثار تاریخی واقع در باغباد اشاره کرد. باغباد در واقع محله ای تاریخی است که آثار متعددی مانند قلعه و مسجد را در خود جای داده و از دیدنی های نطنز است.
آرامگاه "بداق سلطان" که حکمران مهاباد در دوران صفویه بود، از بناها و اماکن زیارتی مهاباد است. دوران حکومت وی یکی از شکوفاترین دوران تاریخ این منطقه به شمار می رود و آثار تاریخی فراوان از جمله مسجد جامع و پل سرخ مهاباد در دوران وی ساخته شده است. آرامگاه وی در فهرست آثار ملی ایران ثبت گردیده و یکی از چند آثار ارزشمند تاریخی شهر مهاباد می باشد.
شهرستان نطنز با تاریخی کهن، عمارت ها و کاخ های زیبایی دارد. کاخهای تاج آباد و عباس آباد دو کاخ زیبا در شهرستان نطنز هستند که هم چون نگینی در انگشتر نطنز، خودنمایی می کنند. یکی از این عمارت های زیبا و دیدنی، که در زمان شاه عباس صفوی در اطراف نطنز بنا شد به کوشک تاج آباد معروف است. مجموعه باغ تاج آباد نطنز در حدود ۱۰۰ هکتار مساحت، از باغ های مورد علاقه شاه عباس صفوی بوده است. این باغ مجموعه ای از چندین بنا شامل کاخ اصلی، حمام، شربتخانه، محل گلاب گیری و هشتی ورودی است و به دلیل واقع شدن در نقطه جغرافیایی مناسب و آب و هوای خوش محل پرورش و کاشت بهترین نوع گیاهان عطری بومی ایران از جمله گل محمدی و گل معروف به یاس شاه عباسی بوده است. از مهمترین ویژگی های معماری و نمای داخلی این بنا، وجود نقاشی های گل و بوته عصر صفویه بر سقف و دیواره های آن است که شباهت زیادی با نقش های کاخ عالی قاپو اصفهان و شباهت هایی نیز به باغ شاهزاده کرمان دارد. همچنین آبراهه ای از هشتی درب باغ تا داخل کاخ وجود داشته است که تداعی گر آبراهه باغ فین کاشان است. این مجموعه با شماره ۸۹۸ در سال ۱۳۴۹در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
قلعه وشاق در نطنز یکی از بزرگترین پایگاه های فرقه اسماعیلیه در فلات مرکزی ایران است که آثار آن هنوز به صورت دیواره سنگی ممتد بر فراز یال کوه به طول چند کیلومتر به صورت منقطع از ابتدای دره سمت روستای اوره آغاز و تا قله ادامه دارد، همچنین آثار برج های دیده بانی و سازه های سنگی به صورت پلان اتاق، اصطبل، آب انبار، آسیاب و کمین گاه ها در نقاط مختلف این دره قابل روئیت است. این قلعه در فهرست آثار ملی ایران ثبت شده است.
