مهمترین منبع نگهداری یخ در مناطق کویری یخچال است که از مهمترین شاخصه های پیشینه معماری در نایین نیز می باشند. در شهرستان نایین و حتی درپارهای مناطق غیر مسکونی، یخچالهای قدیمی از مناظری است که با نمای مخروطی خود، چشم را نوازش می دهند. یخچال ها معمولاً بیرون از شهر و در مسیر آب به صورت منبعی حفر شده و گنبدی مخروطی شکل بر بالای آن ساخته و محل نگهداری یخ برای فصول گرم سال می باشد. از مهمترین یخچالهای نایین که هم اکنون مرمت گردیده یخچال شهر بافران و یخچال محمدیه نایین می باشند.
بنای نواقلی کلوان نایین در گذشته برای اخذ گمرکات از مسافران و کاروانها استفاده می شد و بعد ها بعنوان مکانی برای انجام ورزش های باستانی مورد استفاده قرار گرفت و امروزه نیز با نام زورخانه فریدون نایین دایر است.
مسجد جامع نائين از قديميترين مساجد ايران است و زمان ساخت آن دقيق مشخص نيست برخي آن را به زمان خلافت عمرابن عبدالعزيز نسبت دادهاند. پروفسور پوپ ساختمان مسجد را به سال 350 هـ.ق و آندره گدار فرانسوي آن را به حکومت ديلميان منسوب مي کنند. اين مسجد در محله قديم شهر نائين واقع شده است که در اطراف آن منزل پيرنيا و نارين قلعه (نارنج قلعه) است که قدمتش به دوره قبل از اسلام حدود اشکانيان و ساسانيان ميرسد و اکنون تل خاکي بيش از آن باقي نمانده است.
عبابافی از صنایع دستی قدیمی رایج در شهرستان نائین استان اصفهان است. محله محمدیه در شهر نایین بیشتر به دلیل کارگاه های عبابافی، شهرت دارد. کارگاه های عبابافی، اغلب خانه های قدیمی و دستکند در دل زمین هستند تا بافندگان در تابستان از گرمای کویر در امان باشند. بافت عبا در محمدیه نایین تاریخی چند صد ساله دارد و از کرک شتر یا پشم گوسفند بافته می شود.
چهارطاقی شیرکوه (پاکوه/سپرو) مربوط به دوره ساسانیان است و در شهرستان نائین، روستای سپرو واقع شده است. این مکان تاریخی در ۱۲ بهمن ۱۳۸۱ با شمارهٔ ثبت ۷۲۲۲ به عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
مسجد بابا عبدالله از بناهای تاریخی و مکان های دیدنی نایین در استان اصفهان است. این بنای تاریخی که گنبد مقبره ای در دوره ایلخانیان بوده دارای مسجدی نیز می باشد که بعدها به آن الحاق شده است. در این مکان قبور تعدادی از بزرگان و عرفای زمان ایلخانیان جای گرفته است. این بنای تاریخی به شماره ۲۰۴ در سال ۱۳۱۳ در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسید.
كاروانسراي بلاباد يكي از هفت كاروانسراي تاريخي شهرستان نایین در استان اصفهان است. این کاروانسرا دارای دو هزار متر مربع مساحت و ۲۶ حجره است و از بناهای تاریخی مربوط به دوران صفویه بوده و در مجاورت جاده اصفهان- نايين قرار دارد.
کاروانسرای ظفرقند به عنوان بزرگترین و مهمترین کاروانسرای بین راهی بجا مانده در منطقه، در روستای جوگند یا ظفرقند در اردستان استان اصفهان قرار دارد. روستای ظفرقند از قدیم الایام در مسیر کاروان ها بوده است، بدین جهت کاروانسرای بزرگ و زیبای آن در کنار روستا هنوز پابرجاست. این کاروانسرا ثبت ملی شده و متعلق به دوره صفوی است.
کاروانسرای نیستانک در روستایی به همین نام در ۳۰ کیلومتری جاده نایین به اردستان در استان اصفهان واقع شده است. این کاروانسرای تاریخی به عنوان یکی از زیباترین کاروانسراهای دوران قاجار به شمار می رود. بنای این کاروانسرا بصورت چهار ضلعی از بیرون و به صورت هشت ضلعی در حیاط است. این اثر در تاریخ ۲۸ اسفند ۱۳۸۵ با شمارهٔ ثبت ۱۸۷۷۳ به عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
مسجد جامع بافران از آثار تاریخی بافران در شهرستان نایین در استان اصفهان است. سابقه ساخت این مسجد تاریخی به احتمال بسیار به قرون اولیه اسلامی می رسد. بسیاری براین عقیده اند که مسجد جامع بافران آتشکده بوده و بعد ها تبدیل به مسجد شده است. این مسجد در ابتدا محراب نداشته و در دوره های بعد برای آن محراب ساخته اند. سرداب يا زيرزمين مسجد و تك مناره خشتي از ويژگيهاي اين بناي تاريخي محسوب مي شوند. سابقه بنای مسجد به شکل امروزی به دوره صفویه برمی گردد. این بنا به شماره ۵۸۸۷ مورخ ۲۵/۴/۸۱ در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
